Les agents peuvent être déchargés d'une partie de leurs obligations pour bénéficier d’un congé pendant leur temps de service. Le CFP est assimilé à un temps de service. L’agent conserve ainsi ses droits : promotion, ancienneté, protection sociale, congés annuels, candidature aux concours, prestations familiales, droit à la retraite…
Les agents perçoivent pendant les 12 premiers mois de leur CFP, une indemnité mensuelle forfaitaire égale à 85 % du traitement brut et de l’indemnité de résidence qu’ils percevaient au moment de leur mise en congé. Son montant ne peut pas excéder le traitement et l’indemnité de résidence afférents à l’indice brut 650 d’un agent en fonction à Paris. Les assistants maternels et familiaux perçoivent une rémunération égale à 85 % du montant moyen de leurs rémunérations au cours des 12 derniers mois, soumis à une retenue au titre de la sécurité sociale.
L’indemnité est à la charge de la collectivité ou de l’établissement. Ceux qui emploient moins de 50 agents à temps complet peuvent en demander le remboursement au centre de gestion (pour les agents titulaires uniquement).
A l’issue du CFP, l’agent titulaire reprend de plein droit son service. Pour les agents non titulaires (décret n°88-145 du 15 février 1988), la reprise de l’emploi est possible si l’agent est physiquement apte à reprendre son service, s’il remplit toutes les conditions requises et si les nécessités du service le permettent.
Dans le cas où l’agent ne pourrait être réaffecté dans son emploi précédent, il bénéficie d’une priorité pour occuper un emploi similaire assortie d’une rémunération équivalente.
L'agent doit présenter sa demande de réemploi 3 mois au moins avant l'expiration du congé. A défaut d'une demande présentée dans ce délai il est considéré comme démissionnaire