Les apprentis sont exonérés de cotisations salariales sur la part de rémunération inférieure ou égale à 79 % du Smic. Cette exonération porte sur la totalité des cotisations salariale d’origine légale ou conventionnelle, hors APEC le cas échéant. L’ensemble des cotisations de retraite complémentaire est donc concerné.

Cependant, la prise en charge des cotisations salariales Agirc-Arrco par l'Etat (part patronale et part salariale) ne s'applique qu'aux seules cotisations correspondant au taux obligatoire, les employeurs restant tenus de s'acquitter des cotisations salariales dues sur la base d'un taux supérieur
De plus, depuis le 1er janvier 2019, les cotisations de retraite complémentaire des apprentis sont calculées sur le salaire réel (et non plus sur un salaire forfaitaire).

Lorsque la rémunération excède 79 % du Smic, les cotisations salariales sont dues uniquement sur la part de la rémunération qui excède ce seuil. Mais les droits de l’apprenti restent calculés sur l’ensemble de sa rémunération.

Le seuil de 79 % est apprécié mensuellement et ne fait pas l’objet d’une proratisation en cas d’absence (contrairement à la rémunération). Seule l’entrée ou la sortie de l’entreprise en cours de mois entraîne la proratisation du seuil de 79 %.
Circulaire Agirc-Arrco 2019-19 du 23 décembre 2019