L’OPCO verse au CFA un montant annuel couvrant le niveau de la prise en charge et les frais annexes.
Pour chaque année d'exécution du contrat, le CFA perçoit une avance de 50 % du montant annuel au plus tard dans les 30 jours après la réception de la facture adressée par le CFA (et non plus après le dépôt du contrat), puis 25 % avant la fin du 7ème mois, et le solde au 10ème mois.
Pour la dernière année, le montant est calculé au prorata temporis du niveau de la prise en charge.

Pour les contrats de moins d’un an, le montant est calculé au prorata du niveau de la prise en charge et il peut être majoré de 10 % lorsque la durée du contrat est modifiée compte tenu du niveau initial de l'apprenti ou des compétences acquises, sans toutefois excéder le niveau de prise en charge (sauf pour certains Titres professionnels).
Le CFA perçoit une avance de 50 % de ce montant dans les 30 jours suivant sa facturation et le solde à la fin du contrat.

Apprentis sans employeur :
La période éventuellement passée en CFA avant la signature du contrat est prise en compte dans le montant versé par l'OPCO.

En cas de rupture anticipée du contrat, le paiement est réalisé au prorata de la durée du contrat (chaque mois débuté est dû).
Si l’apprenti poursuit sa formation au CFA, l’OPCO maintient sa prise en charge jusqu'à la signature d'un nouveau contrat ou à défaut, dans la limite de 6 mois.

Financement 2020 des contrats signés en 2019
Pour les contrats signés avant le 1er septembre 2019, l’OPCO verse aux CFA, au plus tard le 1er février 2020, un premier montant correspondant à 50 % des coûts annuels de formation sur la base des "coûts préfecture" fixés au 31/12/18. Les versements suivants s'effectuent au plus tard le 1er juillet 2020, puis tous les 3 mois selon la durée restante du contrat, pour un montant correspondant à 25 % de ces coûts annuels.

A défaut de "coût préfecture" fixé en 2018 pour une formation, un montant forfaitaire de 5 000 € sera appliqué.

Pour les contrats conclus entre le 1er septembre et le 31 décembre 2019, ces versements sont calculés sur la base du niveau de prise en charge fixé par la branche dont relève l'entreprise signataire du contrat. Par dérogation et sur demande du CFA, le 1er versement peut être calculé sur la base des "coûts préfecture". Cette dérogation ne peut excéder 6 mois d'exécution du contrat à compter du 1er janvier 2020 (le coût contrat s’applique après). Le CFA doit faire sa demande lors de sa facturation à l’OPCO, avant le 1er février 2020.

Par ailleurs, les CFA devront transmettre aux OPCO concernés les contrats préparant à des formations non couvertes par les conventions avec la Région. Ils seront financés pour toute leur durée d'exécution sur la base des niveaux de prise en charge des branches. France compétences peut attribuer en 2019 des fonds à certains OPCO pour financer ces contrats (au titre de la péréquation inter-branches). 

NB : le décret ci-dessous prévoit d'autres mesures techniques sur les financements de France Compétences, des OPCO et des FAF de non-salariés.
Décret n° 2019-1326 du 10 décembre 2019 et arrêté du 6/12/19
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